纳米孔掌上测序仪未来或可测序蛋白质

  • 纳米孔,测序仪,蛋白质
  • 测序中国


近日,牛津纳米孔公司(Oxford Nanopore Technologies)宣布将邀请更多的用户加入到MinIon测序仪的早期试用计划中。同时,越来越多早期试用者发布了他们的研究结果。


MinION测序仪只有4英寸长,普通U盘大小,由一个传感器芯片,专用集成电路和一个完整的单分子感应测试所需的流控系统构成。MinION采用新型纳米孔测序法(nanopore sequencing),平均读长为80K bp,并且具备很高的测序速度。目前纳米孔测序法较低的测序准确率仍是大家关心的问题,但是该设备目前仍在不断更新,仍有很多研究者非常看好这一技术。



上周,在美国佛罗里达州马可岛召开的基因组生物技术大会(AGBT)上,来自美国冷泉港实验室的Sara Goodwin展示了利用Oxford MinION掌上测序仪进行de novo组装和测序。研究利用MinION对酵母菌株进行了超过120X覆盖度的测序,结果表明该测序数据能够达到80%的比对率。


其他早期试用计划的用户们也已正陆续公布MinION掌上测序仪的试用情况。最近,加州大学圣他库斯分校的Mark Akeson研究团队公布了一种可用于纳米孔数据的单核苷酸变异检测工具,使用该工具可以解决人类染色体未知区域上某个癌症基因拷贝数的问题。


一些研究小组的实验结果表明:使用MinIon进行细菌基因组测序,再使用Illumina测序仪测出的短序列对其进行校正,所获得的数据足以用于基因组从头组装。目前已经公布的结果还包括宏基因组测序、人类基因测序、细菌抗生素抗性鉴定和细菌疫情分析。


牛津纳米孔公司在2013年底首次对外开放注册MinIon试用计划,至今已经接纳了两轮参与者,这些参与者在第二年春天开始收到MinIon测序仪。目前早期试用计划一直专注于DNA测序领域,但是该公司表示,“希望今后围绕RNA和蛋白质的分析展开”。


牛津纳米孔公司声称在早期试用计划推行的同时,该公司的测序技术已经在一些方面得到改善。文库制备试剂盒已经进行了多次升级,以提高数据的准确性、简化操作流程。该公司还开发了新的文库制备试剂盒和文库制备方法以使MinIon的应用更加广泛,例如cDNA测序和基因组DNA和扩增子的条形码编码。


迄今,Oxford Nano已经装载了三种类型的流动槽,每一次增加纳米孔数目都能有效提高测序数据的质与量。在数据质量方面,通过增加双向序列的比例将增加测序的准确性。

本文链接:http://cn.chemcd.com/news/11831.html

本文为CHEMCD编译整理,欢迎转载!转载请注明出处并附原文链接。

分类

相关资讯

一个蛋白质引发的惨案 | 蛋白质促进癌细胞转移

2016/04/18 - 最近,挪威卑尔根大学(UiB)的研究人员分离出了一种蛋白质,可使癌细胞能够进行扩散。相关研究结果发表在4月14日的《Cancer Cell》。在结肠癌、乳腺癌、皮肤癌中扩散的侵略性癌细胞,比非侵袭性的癌细胞包含更高比例的蛋白质PITPNC1。

科学家绘制世界最大蛋白质图谱

2015/10/14 - 科学家已经发现了上万种新的蛋白联结,约占蛋白联结总量的四分之一。为了揭示蛋白质是如何构建细胞与机体,来自多个国家的科学家组成的研究团队筛选了不同生物的细胞,这些细胞从变形虫到蠕虫到老鼠到人类,来源十分广泛。

新发现!甲醛不只损伤DNA,还有蛋白质

2016/10/03 - 对于新装修的房子,甲醛超标是人们非常担心的问题之一。那么,甲醛究竟是如何危害人体健康的呢?近日,一项新研究发现,甲醛不仅会损伤细胞中的DNA,还会影响蛋白质。

NIH 1450万美元资助DNA测序技术研究

2014/08/06 - 美国国立卫生研究院(NIH)近日宣布,它将向开发新型测序技术的8支研究团队资助1450万美元。NIH将利用这些资金支持多种技术,包括纳米孔测序技术和微流体技术,资助时间为两年到四年。

ACS Chem Biol:抑癌化合物具有强大的抗癌潜力

2015/04/13 - 近日,发表于国际杂志ACS Chemical Biology上的一篇研究论文中,来自堪萨斯大学的研究者揭示了6种可以阻断HuR蛋白的化合物,HuR是一种癌蛋白质,其可以结合RNA...

给糖尿病患者饮食方面的重要建议

2017/04/22 -  东芬兰大学的一项新研究增加更多的证据证明膳食蛋白质的来源可能在发展2型糖尿病的风险中起作用。研究人员发现,植物蛋白与2型糖尿病的风险相关,而饮食富含...